Die eingegebenen Belegdaten und alles, was damit zusammenhängt, werden über die Menüpunkte "Speichern" und "Speichern unter..." im Menü "Datei" in Dateien mit der Endung .eux gespeichert. Dahinter verbirgt sich das bekannte ZIP-Dateiformat, in dem die Belegdaten in einem XML-Dateiformat enthalten sind und eventuell vorhandene Dateianhänge mit eingepackt werden.
Im Dialogfenster, das nach Auswahl der Funktion "Speichern unter..." erscheint, braucht nur der Dateiname eingegeben zu werden. Die passende Endung wird automatisch an den Dateinamen angehängt. Das Programm erkennt aber, wenn der Dateiname die Endung bereits enthält.
Die Programmeinstellungen, also z.B. die Fenstergröße und -position, werden in einer Datei namens settings.xml gespeichert. Diese Datei wird normalerweise in einem Ordner mit dem Namen .jes im Datenverzeichnis des Benutzers abgelegt. Falls Jes diesen Ordner nicht anlegen kann oder der Ordner nicht beschreibbar ist, versucht Jes, die Einstellungsdatei direkt im Datenverzeichnis des Benutzers abzulegen.
Falls in den Programmeinstellungen die Option "Automatisches Speichern" in der Variante "Nur Wiederherstellungsinformationen sichern" aktiviert ist, schreibt Jes den Datenbestand in regelmäßigen Abständen in eine Datei mit dem Namen recovery.eux. Diese Datei lieg im selben Ordner wie die Einstellungsdatei settings.xml.
Die Datei recovery.eux wird automatisch gelöscht, wenn die Daten auf normalem Weg gespeichert werden und wenn das Programm regulär beendet wird. Falls Jes beim Start die Datei recovery.eux vorfindet, bietet es dem Benutzer an, mit den Daten aus dieser Datei weiterzuarbeiten, denn es geht davon aus, daß dies der aktuellste Datenbestand ist.